Vườn quốc gia Du Già có tổng diện tích tự nhiên là 15.006,3 ha thuộc địa bàn 3 xã của 3 huyện thuộc tỉnh Hà Giang là: Tùng Bá (Vị Xuyên); Minh Sơn (Bắc Mê) và Du Già (Yên Minh). Vùng đệm có diện tích 8.850 ha thuộc 6 xã của 4 huyện là Du Già, Đường Thượng (Yên Minh); Minh Sơn, Yên Định (Bắc Mê); Tùng Bá (Vị Xuyên) và Thái An (Quản Bạ). Vườn quốc gia này có một phần diện tích nằm trên Công viên địa chất toàn cầu Cao nguyên đá Đồng Văn là 14.068 ha, chiếm 93,7% diện tích tự nhiên vườn quốc gia. Du Già cách thành phố Hà Giang khoảng 70 km theo hướng đi từ QL 34, và 100km theo hướng đi QL4C - ĐT 181.